Здравствуйте, Кайсар.
Как гражданин Казахстана — то есть страны-участницы ЕАЭС — вы находитесь не в общем правовом режиме иностранных граждан, а в особом, установленном Договором о ЕАЭС от 29.05.2014 (п. 5 ст. 97). Для граждан государств-членов ЕАЭС, прибывших в РФ для осуществления трудовой деятельности, срок временного пребывания определяется не стандартным правилом «90 дней из 180» (ст. 5 ФЗ №115-ФЗ «О правовом положении иностранных граждан в РФ»), а сроком действия трудового или гражданско-правового договора с работодателем. Пока у вас действует официальный трудовой договор, 90-дневное ограничение к вам не применяется вообще — именно поэтому для граждан ЕАЭС отдельно не оформляется разрешение на работу/патент, в отличие от граждан других стран СНГ.
То есть сами по себе 54 дня работы весной и 61 день работы летом-осенью по официальным трудовым договорам — это не нарушение 90-дневного лимита, этот лимит к периодам официальной работы по трудовому договору не применяется в принципе.
Единственный момент, который важен — это промежуток между первым и вторым трудовым договором (после того как вы уволились с первой работы и до оформления на вторую). Если в этот промежуток у вас не было действующего трудового/гражданско-правового договора, то на этот период вы временно переходите в общий режим, и именно эти «незанятые» дни (если вы оставались в России без договора) засчитываются в стандартное правило 90 дней из 180. Если же в этот промежуток вы либо выезжали из РФ, либо он был очень коротким и в сумме с другими периодами вне трудовых отношений за последние 180 дней не превышает 90 дней — нарушения нет.
Отдельно: отметка о цели поездки в миграционной карте при въезде («еду на работу») — это не обязательство делать какие-то дополнительные отметки в процессе пребывания, это фиксируется один раз при въезде, так что тут у вас всё в порядке. Постановка на миграционный учёт по месту жительства (прописка) — это тоже правильная и обязательная процедура (ст. 20 ФЗ №109-ФЗ), и то, что вы её выполняли, работает в вашу пользу как доказательство легального нахождения.
Что делать практически:
1. Попросите у работодателя, который сейчас отказывает вам в приёме, письменное объяснение причины отказа со ссылкой на конкретную норму — часто HR ошибочно применяют к гражданам ЕАЭС общее правило 90/180, не зная про исключение по ст. 97 Договора о ЕАЭС.
2. Закажите в МВД (через портал Госуслуги или лично в территориальном подразделении по вопросам миграции) справку/выписку о законности вашего пребывания либо воспользуйтесь онлайн-сервисом проверки нахождения иностранного гражданина на территории РФ на сайте МВД — это снимет все вопросы однозначно, так как там видна полная история ваших въездов/выездов и миграционного учёта.
3. Если справка покажет превышение 90 дней именно в «непокрытый» трудовым договором период — опасаться серьёзных последствий, как правило, не стоит при небольшом превышении и наличии официальной работы, но лучше заранее знать точную картину, чем узнавать об этом от нового работодателя.
Если потребуется разобрать вашу миграционную историю подробно (даты въездов-выездов, даты и номера договоров) — это лучше делать уже в индивидуальной консультации с документами на руках.
Если ответ был полезен — буду благодарен за отметку «+» внизу страницы.