Здравствуйте, Яна! Пени платить одновременно с текущими платежами Вы не обязаны, и распределение частичной оплаты регулируется прямо.
При оплате Вы вправе указать, за какой период и за какие услуги вносите деньги (п. 32 постановления Пленума ВС РФ от 27.06.2017 № 22). Если в платежном документе указан расчетный период, деньги засчитываются именно в этот период, а не в старые долги и не в пени. Практически это делается так: оплатить по ЕПД только суммы за услуги, без строки пеней (через mos.ru, банк или кассу с указанием периода), сохранить чек.
Если плата внесена не полностью, она распределяется между видами услуг пропорционально начислениям (п. 118 Правил предоставления коммунальных услуг, утв. постановлением Правительства РФ от 06.05.2011 № 354). Пени к плате за услуги не относятся: это санкция за просрочку (ч. 14 ст. 155 ЖК РФ), и засчитывать в них Ваш платеж за текущий месяц без Вашего указания оснований нет.
Начисленные пени при этом остаются долгом, и УК может взыскать ее через суд. Если пени начислены неверно (например, на суммы, которые Вы оплатили вовремя), можно потребовать перерасчет. Суд вправе снизить пени по ст. 333 ГК РФ, если они несоразмерны.
Если будет удобно, могу проверить расчет пеней и подготовить заявление в «Жилищник» с требованием разнести платежи по указанным Вами периодам и сделать перерасчет. Написать можно в личный чат здесь, на Правоведе.
С уважением,
Лучников Константин,
юрист, партнер адвокатского бюро