Марина, добрый день.
Если договор найма заключён только с данным гражданином, а иных лиц он вселил без Вашего согласия и вопреки условиям договора, зафиксируйте нарушение и письменно потребуйте его устранить и освободить квартиру в установленный Вами срок. По ст. 680 ГК РФ временные жильцы не приобретают самостоятельного права пользования помещением, а ответственность за их действия несёт наниматель.
Если нарушение условий найма не устранено, вопрос о расторжении договора и выселении решается с учётом условий договора и ст. 687 ГК РФ, в предусмотренных законом случаях — через суд. Самостоятельно менять замки или принудительно выселять нанимателя до законного прекращения права пользования не рекомендую.
Что касается миграционного учёта: сам факт законной постановки иностранного гражданина на учёт по месту пребывания не является нарушением. По ФЗ № 109-ФЗ место пребывания связано с помещением, где иностранный гражданин фактически проживает.
Если Вы действительно предоставляли жильё для проживания и оформляли миграционный учёт по фактическому месту пребывания, само по себе обращение арендатора с жалобой ещё не означает Вашей ответственности. Сохраните договор, уведомление о расторжении/требование об освобождении квартиры и документы миграционного учёта.
Буду признателен за честный отзыв о моём ответе.