Можно ли перевести сотрудника в другой магазин без его согласия во время отпуска?

Нет, вас не могут перевести в другой магазин во время отпуска без вашего согласия — но только если это действительно перевод, а не просто перемещение. 
Дело в том, что Трудовой кодекс различает эти понятия:
Перевод — это когда меняются существенные условия договора: ваша трудовая функция (должность) или структурное подразделение, которое прямо прописано в договоре. Такой перевод по общему правилу возможен только с вашего письменного согласия (ст. 72, 72.1 ТК РФ). 
Перемещение — это когда вас переводят в другой магазин в той же местности, но при этом никакие условия договора не меняются: должность остаётся той же, зарплата, график и прочие договорённости сохраняются. Вот за такое перемещение согласие не требуется. 
Ключевой момент: если в вашем трудовом договоре конкретно прописано, что вы работаете в определённом магазине (например, «продавец в магазине №...»), то перевод туда без вашего согласия незаконен. А если в договоре просто указана должность без привязки к точке — работодатель вправе вас перемещать. 
При этом нахождение в отпуске не даёт работодателю права в одностороннем порядке менять условия договора. Даже если вы в отпуске, для перевода (если это именно перевод, а не перемещение) нужно ваше согласие. 
Есть и исключения для перевода без согласия, но они очень специфичны. Закон допускает это только в исключительных случаях: при катастрофах, авариях, пожарах, простоях, необходимости предотвратить порчу имущества или для замещения временно отсутствующего сотрудника — и то на срок до одного месяца. Если таких обстоятельств нет, а работодатель просто решил перебросить сотрудников между магазинами — это нарушение. 
Что делать в такой ситуации? Если вам объявили о переводе, сначала попросите показать приказ и внимательно изучите трудовой договор. Если окажется, что в договоре  закреплён конкретный магазин, а вас просто «перевели» — это нарушение, и вы вправе отказаться. В случае спора вопрос решит суд: он будет смотреть, менялось ли что-то в условиях договора и были ли чрезвычайные обстоятельства. 
Так что советую сначала сверить договор, а потом уже обсуждать ситуацию с работодателем.