Яна, здравствуйте. Обращение в суд не становится обязательным только потому, что у мамы не было регистрации. Вы верно ссылаетесь на статью 1115 ГК РФ: если последнее место жительства наследодателя неизвестно, место открытия наследства определяется по месту нахождения наследственного имущества. Если имущество находилось в разных местах, применяются дополнительные правила этой статьи.
Но отсутствие регистрации и неизвестность последнего места жительства — не одно и то же. Местом жительства считается место, где человек постоянно или преимущественно проживал. Принадлежность маме доли в квартире сама по себе ещё не доказывает, что она жила именно там. Нотариусу нужны основания определить место открытия наследства; вопрос в том, какие сведения уже есть в наследственном деле и каких именно не хватает.
Суд может понадобиться, если нужный факт нельзя подтвердить имеющимися документами. Такой порядок предусмотрен пунктом 9 части 2 статьи 264 ГПК РФ; Верховный Суд разъясняет его применение в пунктах 17–18 постановления Пленума от 29.05.2012 № 9. Но направлять в суд только со словами «вдруг была зарегистрирована в другом регионе», без объяснения недостаточности документов, недостаточно для оценки обоснованности требования.
То, что наследственное дело открыли в 2019 году, ещё не обязательно означает, что тогда проверили все условия для выдачи свидетельства о праве на наследство. Если свидетельство уже выдавалось, это отдельная ситуация — нужно проверить его и содержание дела. Поэтому по Вашему описанию нельзя уверенно объяснить, почему нотариус поднял вопрос только сейчас.
Попросите нотариуса письменно указать, какой документ требуется и почему нельзя применить статью 1115 ГК РФ на основании материалов дела. Если он отказывает в нотариальном действии, попросите постановление с причинами отказа и порядком обжалования — статья 48 Основ законодательства РФ о нотариате. После этого будет понятно, нужно устанавливать факт в суде или обжаловать отказ.
Отдельно отмечу: свидетельство о смерти выдаёт ЗАГС, а нотариус выдаёт свидетельство о праве на наследство. Если Вам нужно именно повторное свидетельство о смерти, устанавливать место открытия наследства для его получения не требуется.
Предлагаю продолжить общение здесь — помогу разобраться с требованием нотариуса и выбрать дальнейший порядок действий.