Здравствуйте, Вячеслав.
Само наличие какого-либо «ограничения», оформленного вторым собственником, ещё не означает, что дочь не может подарить отцу свою 1/3 долю.
Здесь принципиально важно понять, какое именно ограничение внесено в ЕГРН и на чью долю оно распространяется.
Если второй собственник просто подал заявление о невозможности регистрационных действий без его личного участия, такое заявление само по себе не должно препятствовать распоряжению принадлежащей дочери 1/3 долей.
Если же имеется арест, судебный запрет либо иное обременение, распространяющееся на долю дочери или на весь объект, сначала нужно изучить его основание.
То, что отец зарегистрирован в квартире, само по себе на возможность дарения не влияет.
Если хотите, напишите мне в личный чат, какое именно ограничение указано в выписке ЕГРН, либо пришлите саму выписку. По ней можно будет точно сказать, препятствует ли оно дарению доли отцу.