Ипотека сама по себе не освобождает от НДФЛ и не создает отдельного налога при продаже. Сначала нужно проверить срок владения и основание приобретения квартиры.
Для обычной покупки после 1 января 2016 года общий минимальный срок — пять лет. Трехлетний срок для единственного жилья обычно не подходит, если на дату продажи у Вас сохраняется 1/4 другой жилой квартиры. При этом возможны другие основания освобождения, в том числе правила для семей с детьми, а также региональное сокращение срока. Для ДДУ начало срока определяется по специальным правилам полной оплаты, поэтому одной даты регистрации недостаточно.
Если освобождения нет, доход можно уменьшить на документально подтвержденные расходы приобретения либо на имущественный вычет, соблюдая условия ст. 220 НК РФ. Остаток ипотечного долга не вычитается автоматически из цены продажи: погашение кредита и расходы приобретения — разные показатели. Дополнительно проверяется кадастровая стоимость по ст. 214.10 НК РФ.
Для расчета нужны дата и способ приобретения, цена покупки и продажи, кадастровая стоимость, налоговое резидентство и сведения о детях. Сама продажа заложенной квартиры также требует согласованной с банком схемы погашения и снятия залога.
Разъяснение ФНС: www.nalog.gov.ru/rn77/taxation/taxes/ndfl/nalog_vichet/im_nv/im_nv_pri/