Здравствуйте. Нет, МВД не вправе отказать в регистрации по месту жительства только из-за того, что лицевой счёт в управляющей компании не переоформлен на вас. Регистрация и расчёты за коммунальные услуги — это две разные процедуры, которые закон между собой не связывает.
Порядок регистрации граждан по месту жительства регулируется Законом РФ от 25.06.1993 № 5242-1 «О праве граждан Российской Федерации на свободу передвижения, выбор места пребывания и жительства в пределах Российской Федерации» и Правилами регистрации и снятия граждан РФ с регистрационного учёта, утверждёнными постановлением Правительства РФ от 17.07.1995 № 713. В пункте 16 этих Правил указан исчерпывающий перечень документов для регистрации по месту жительства: заявление, паспорт регистрируемого, документ, являющийся основанием для вселения в жилое помещение. Для человека, который не является собственником, таким основанием будет письменное согласие собственника. Если вы подаёте документы не лично, согласие можно оформить нотариально.
Требования предоставить справку о переоформлении лицевого счёта, выписку из домовой книги, квитанции об оплате или что-то подобное в Правилах нет. Орган регистрационного учёта (подразделение МВД) не вправе требовать документы, не предусмотренные законом, и тем более отказывать по причине, которой в законе нет. Статья 3 Закона № 5242-1 прямо устанавливает, что регистрация или её отсутствие не могут служить основанием ограничения прав граждан. Отказ в регистрации только из-за непереоформленного лицевого счёта был бы незаконным.
То, что вы сами не зарегистрированы в этой квартире, тоже не препятствие. Собственник вправе вселять в своё жильё других граждан (статья 30 Жилищного кодекса РФ) и давать согласие на их регистрацию независимо от того, зарегистрирован ли он сам по этому адресу.
Переоформление лицевого счёта в управляющей компании — это ваша обязанность как собственника для корректного начисления платы за жилое помещение и коммунальные услуги, но с регистрационным учётом оно не связано. Управляющая компания не участвует в процедуре регистрации и не может на неё влиять.
Поэтому подавайте документы через МФЦ или напрямую в подразделение по вопросам миграции МВД. Если вам всё же откажут, требуйте письменный отказ — его можно обжаловать вышестоящему должностному лицу или в суд. Но по указанной вами причине отказ маловероятен, так как он не основан на законе.
Имейте в виду, что после регистрации человек приобретёт право пользования квартирой, и снять его с учёта без его согласия можно будет только через суд, если он перестанет быть членом вашей семьи или по иным основаниям, предусмотренным статьёй 31 Жилищного кодекса РФ. Поэтому регистрируйте только того, кому действительно доверяете.