Здравствуйте. Да, директор вправе оплатить госпошлину за организацию как физическое лицо, и это не связано с погашением налоговой задолженности. Арест счёта по статье 76 НК РФ ограничивает только расходные операции по счетам организации, но не лишает её права обращаться в суд.
Госпошлина является федеральным сбором (ст. 333.16 НК РФ). В силу п. 1 ст. 45 НК РФ обязанность по уплате налога, сбора или страховых взносов может быть исполнена за налогоплательщика иным лицом. Это правило распространяется и на государственную пошлину. Директор как единоличный исполнительный орган признаётся законным представителем организации (ст. 27 НК РФ), поэтому он может произвести платёж от своего имени, указав в назначении платежа, что госпошлина уплачивается за конкретную организацию.
Сам по себе налоговый долг и приостановление операций по счёту не являются основанием для отказа в принятии искового заявления. Если спор между организациями рассматривает арбитражный суд, перечень оснований для оставления иска без движения или его возврата установлен статьями 128 и 129 АПК РФ, и наличия задолженности по налогам в этом перечне нет. Поэтому подать иск можно, и суд обязан рассмотреть его по существу при соблюдении остальных требований к форме и содержанию иска.
Что делать дальше:
1. Рассчитайте госпошлину по ст. 333.21 НК РФ для имущественного требования и подготовьте платёжный документ, указав в графе «назначение платежа», что госпошлина уплачивается за вашу организацию по иску к конкретному ответчику.
2. Оплатите с личной карты или наличными через банк, сохранив чек либо платёжное поручение с отметкой банка.
3. К иску приложите платёжный документ, копию приказа о назначении директора или выписку из ЕГРЮЛ, а при необходимости — письменное пояснение директора о том, что платёж сделан личными средствами за организацию.
4. Если суд оставит иск без движения из-за плательщика, в установленный срок представьте пояснение и подтверждающие документы; погашать налоговый долг для подачи иска не требуется.