Здравствуйте, Светлана!
Само по себе расхождение между старым приватизационным документом 990 кв. м и актуальными сведениями ЕГРН 1006 кв. м с уточненной площадью обычно не мешает продаже, если право собственности зарегистрировано именно на земельный участок с кадастровым номером и в ЕГРН указана уточненная площадь.
Для сделки Росреестр ориентируется прежде всего на актуальные сведения ЕГРН. Поэтому в договоре купли-продажи нужно указывать площадь 1006 кв. м, как она сейчас записана в ЕГРН.
Погрешность 11 кв. м означает допустимую погрешность определения координат/площади при кадастровых работах и сама по себе не является препятствием для регистрации сделки.
Перед продажей рекомендую:
заказать свежую выписку ЕГРН;
проверить, что границы участка установлены и нет отметки о реестровой ошибке или споре;
в договоре указывать кадастровый номер и площадь по ЕГРН.
Если право зарегистрировано и границы уточнены, в МФЦ проблем только из-за старой площади 990 кв. м быть не должно.
Если мой ответ помог Вам, буду благодарен за положительный отзыв.