Распространяется ли правило 90 дней на граждан Казахстана с трудовым договором?

Нет, правило 90 дней в течение 180 дней (или календарного года) на вас как на гражданку Казахстана с действующим трудовым договором не распространяется.

Согласно пункту 5 статьи 97 Договора о Евразийском экономическом союзе, срок временного пребывания гражданина государства — члена ЕАЭС (в том числе Казахстана), прибывшего в Россию с целью осуществления трудовой деятельности, определяется сроком действия трудового договора.

Пока трудовой договор действует, работодатель уведомляет МВД, вы стоите на миграционном учёте и выполняете требования (дактилоскопия, медосмотр и т.д.), ваше пребывание является законным независимо от 90-дневного лимита.

Почему вы попали в реестр контролируемых лиц (РКЛ)
Наиболее вероятные причины:

При каждом новом въезде миграционная карта выдавалась на стандартный срок (90 дней), а вы не обращались в МВД за продлением срока пребывания на основании трудового договора.
Система миграционного учёта фиксировала периоды пребывания как обычные «гостевые», и при суммировании дней или при сбоях в учёте сформировалось нарушение.
Возможны технические ошибки при постановке на учёт через приложение «Амина» или при передаче данных работодателем.
То, что вы каждый раз выезжали до истечения 90 дней, не отменяет необходимости корректно продлевать срок пребывания по трудовому договору, если вы планируете находиться дольше и работать.

Что делать прямо сейчас
Срочно обратитесь в территориальный орган МВД по вопросам миграции (по месту постановки на учёт в Москве).
Возьмите с собой:

паспорт;
все миграционные карты;
трудовой договор (оригинал + копии);
уведомления работодателя о заключении договора (скриншоты из Госуслуг + оригиналы, если есть);
документы о постановке на учёт;
подтверждение дактилоскопии и медосмотра.
Подайте заявление об исключении из реестра контролируемых лиц и о продлении срока пребывания на срок действия трудового договора.
Если в обычном отделе МВД нет мест — езжайте в Сахарово (ММЦ). Там обычно принимают по вопросам легализации и РКЛ.
Пока вопрос не решён, выезд в Санкт-Петербург может быть проблематичным (РКЛ ограничивает передвижение и отдельные действия). Постарайтесь решить вопрос с исключением из реестра до поездки или возьмите с собой все документы и копию заявления в МВД.
На будущее: после каждого въезда (или заранее) нужно обращаться в МВД для проставления отметки о продлении срока пребывания на основании трудового договора. Просто выезд/въезд не всегда корректно «обнуляет» учёт в системе при наличии постоянного трудового договора.
Важно
Наличие действующего трудового договора и уведомления работодателя — ваше главное доказательство законности пребывания. В большинстве случаев при предоставлении полного пакета документов граждан ЕАЭС исключают из РКЛ.

Рекомендую действовать быстро и фиксировать все обращения (заявления с отметкой о принятии, входящие номера).

Пожалуйста, оцените ответ. Если опишете точные даты всех въездов/выездов в 2026 году или покажете, что именно написано в приложении «Амина» — смогу дать более точные рекомендации. При наличии дополнительных вопросов обращайтесь в чат.