Анна, нужно разделить предъявление документа для установления личности и его изъятие. По п. 13 Положения о паспорте, утверждённого постановлением Правительства РФ от 23.12.2023 № 2267, при приобретении гражданства в России представляется документ, удостоверяющий личность. Поэтому считать, что иностранный паспорт вообще не нужен только из-за наличия сведений в базе МВД, было бы неверно. Но оставлять этот паспорт у сотрудника на весь срок оформления российского паспорта — другой вопрос.
Сведения о принятии гражданства МВД действительно должно проверить. Само по себе то, что у Вас не забрали иностранный паспорт, не означает ошибку при оформлении. ВНЖ после приобретения российского гражданства уже не служит основанием проживания в России: регламент выдачи ВНЖ предусматривает признание такого документа недействительным, его изъятие и погашение.
Обратитесь в принявшее заявление подразделение с иностранным паспортом и ВНЖ: уточните, завершена ли проверка личности, полный ли комплект принят и когда нужно сдать ВНЖ. Попросите подтверждение приёма заявления и перечня оригиналов, оставленных в МВД. Повторно оплачивать пошлину или подавать новое заявление без установленной причины не нужно. По одному описанию приёма нельзя достоверно заключить, что сотрудник нарушил порядок.