Здравствуйте, в описанной ситуации он не вправе в одностороннем порядке сократить срок контракта, который предложил военнослужащий. Если военнослужащий не достиг предельного возраста, не имеет оснований для досрочного увольнения и не утратил право на заключение контракта по закону, у командира нет полномочий менять согласованный срок — он может лишь принять решение о заключении контракта или об отказе в его заключении. То есть командир либо подписывает контракт на те пять лет, о которых просил военнослужащий, либо отказывает в заключении контракта вообще (при наличии законных оснований для отказа). Самостоятельное изменение срока (например, подписание на год вместо пяти) выходит за рамки его полномочий.
Рекомендую военнослужащему запросить у командира письменное обоснование такого решения — это станет хорошей базой для обращения к военному прокурору или в вышестоящее командование для защиты своих прав.
Надеюсь ответ был Вам полезен. Желаю всего хорошего!