Здравствуйте, Александр.
Автоматически нет.
Тем более, что дело может быть прекращено до суда.
Дело может быть прекращено на стадии суда по реабилитирующим либо неребилитирующим основаниям.
Плюс даже если будет обвинительный приговор надо будет дождаться его вступления в силу.
Так понимаю, что Вы устали на СВО и ищете вариант увольнения, чтобы не возвращаться на службу. Соответственно, надо искать иные основания (варианты).
За подробной платной юридической консультацией, иной правовой помощью, представляемой на платной основе, можете обратиться ко мне в личные сообщения на сайте.