Здравствуйте, Михаил!
Выписать совершеннолетнего сына из квартиры без его согласия и присутствия можно только через суд, но сделать это дистанционно из Калининграда вполне реально.
Поскольку вы являетесь единственным собственником, а сын в квартире не проживает и его местонахождение неизвестно, вам нужно подать в суд иск о признании его утратившим право пользования жилым помещением и снятии с регистрационного учета.
По закону (ст. 119 ГПК РФ) суд может рассмотреть дело по последнему известному месту жительства ответчика (то есть по адресу вашей пермской квартиры).
Если есть возможность попросить знакомых в Перми или управляющую компанию составить акт о непроживании, это усилит позицию, но часто суду хватает свидетельских показаний.
Чтобы суд прошел без вашего физического присутствия, используйте один из вариантов:
1. Ходатайство о рассмотрении дела в ваше отсутствие. Вы можете приложить его сразу к иску. Суд рассмотрит дело на основании поданных документов.
2. Видео-конференц-связь (ВКС). Вы можете подать ходатайство об участии в заседании по ВКС. В этом случае вы придете в назначенный день в районный суд Калининграда, и вас подключат к заседанию в Перми по видеосвязи. (в случае наличия технической возможности)
3. Представитель в Перми. Вы можете нанять юриста или выдать нотариальную доверенность (оформив её у нотариуса в Калининграде) надежному знакомому в Перми, который сходит в суд вместо вас.