Как рассчитать стаж для выхода на пенсию при наличии периодов по ст. 30 и ст. 32?

Не нужно «вычитать» один период из другого. Я поясню, как на самом деле работает расчёт: эти периоды учитываются отдельно, и итоговый результат зависит от того, какое основание для досрочной пенсии окажется выгоднее. 
У вас:
п. 2 ч. 1 ст. 30 — 4 года 0 месяцев 1 день;
п. 6 ч. 1 ст. 32 — 5 лет 6 месяцев 28 дней.
Важное правило: периоды по разным статьям (30 и 32) не суммируются в один «льготный стаж». Каждое основание оценивается само по себе. То есть вы не складываете эти годы в один блок и не сравниваете сумму с каким-то общим порогом — вы смотрите на каждое основание отдельно и проверяете, выполнены ли минимальные требования именно для него. 
Для п. 2 ч. 1 ст. 30 (работы с тяжёлыми условиями труда) минимальный порог для права на досрочную пенсию — 12 лет 6 месяцев (для мужчин). У вас чуть меньше (4 года), поэтому по этому основанию право на досрочный выход пока не возникает.
Для п. 6 ч. 1 ст. 32 (работа в районах Крайнего Севера или приравненных местностях) минимальный порог — 15 лет (для Крайнего Севера) или 20 лет (для приравненных). У вас 5 лет 6 месяцев 28 дней, что тоже меньше. Но есть нюанс: если стаж в районах Крайнего Севера составляет не менее 7 лет 6 месяцев, закон позволяет пропорционально снижать общеустановленный пенсионный возраст — на 4 месяца за каждый полный год работы. В вашем случае порог не достигнут, поэтому и по этому основанию досрочной пенсии пока нет.