В вашей ситуации действия нотариуса правомерны — при одном важном условии.
Отсутствие записи в ЕГРН само по себе не означает, что у наследодателя не было права собственности.
Я рекомендую заглянуть в материалы наследственного дела. Попросите нотариуса показать, какие документы на эту долю он приобщил (копии договоров, свидетельств и т.п.). Если бумаги есть — всё в порядке. Если же нотариус выдал свидетельство вообще без документального подтверждения права наследодателя — это повод для обжалования его действий.
После получения свидетельства у вас (или у нотариуса — по закону он обязан сам направить документы в Росреестр в тот же день) появится основание для регистрации права в ЕГРН. Даже если доля раньше не числилась в реестре, Росреестр внесёт сведения на основании свидетельства о праве на наследство.
Если при изучении документов возникнут сомнения (например, какой-то из них выглядит спорным), имеет смысл проконсультироваться с юристом, который специализируется на наследственных спорах.