Недоплата за дни в клинике незаконна - денежное довольствие должно начисляться за весь период нахождения на лечении в полном объёме, независимо от того, находитесь вы в санатории, госпитале или гражданской клинике, при условии что вы официально состоите в списках личного состава части (ст. 3 ФЗ № 76-ФЗ "О статусе военнослужащих").
То, что в расчетном листе отражены только санаторий и госпиталь, а "клиника" выпала - типичный технический сбой в системе учёта Единого расчетного центра. Обычно причина одна из двух: либо в финансовый орган не поступила справка/выписка из клиники с точными датами вашего там нахождения (и система автоматически посчитала эти дни "неучтёнными"), либо на этот период вас формально не оформили как находящегося на лечении - то есть по документам вы "выпали" из списков как отсутствующий без объяснения причин. Второй вариант хуже - при формальном подходе это может трактоваться как отсутствие без законных оснований, а не как лечение.
Дальше без справки от клиники с точными датами эту разницу вам никто не восстановит автоматически - нужно самому донести документ и добиться перерасчёта, либо (если не помогут) оспаривать через прокуратуру и суд.