Здравствуйте.
Справка от военкомата на руки Вам и не нужна в том виде, в котором Вы её просите - суд сам её запросит. По ст. 278 ГПК РФ судья после принятия заявления направляет запросы в организации по последнему известному месту работы и месту жительства пропавшего, а в делах по военнослужащим - именно в воинскую часть и военкомат. То есть отказ комиссариата выдать документ лично Вам никак не блокирует дело: суд запросит это напрямую, и им обязаны ответить.
Отдельная сложность у Вас - смена фамилии сына при браке. Для суда нужно доказать, что "Иванов" из свидетельства о браке и участник СВО с новой фамилией - одно лицо. Загс не даёт справку о смене ФИО именно Вам, потому что Вы не сторона по этому акту гражданского состояния - формально запросить её может либо сам гражданин, либо суд, либо, как вариант, супруга. Раз невестка вышла из контакта - это решаемо через тот же судебный запрос, но нужно грамотно сформулировать заявление, чтобы суд сам истребовал и запись акта о браке, и сведения о смене фамилии, и данные из части.
Отдельно: с 2024 года для участников СВО, пропавших без вести в ходе боевых действий, действует сокращённый срок признания безвестно отсутствующим - не 1 год по ст. 42 ГК РФ, а 3 месяца с момента получения последних сведений о нём, если он выполнял задачи в условиях вооруженного конфликта. У Вас прошло 6 месяцев - формально Вы уже вправе подавать заявление.