Если требовать оплату могу, то уведомить из лучше по почте с уведомлением о вручении?

Да, требовать с брата и сестры соразмерную часть расходов можно, если уборка действительно необходима и расходы разумные. Предписание администрации здесь усиливает вашу позицию: это не ваше личное желание «навести красоту», а обязанность по содержанию участка.

По общему правилу участники долевой собственности несут расходы на содержание имущества соразмерно своим долям. То, что брат и сестра пока не получили свидетельства из-за ошибок в документах, само по себе не означает, что они не приняли наследство: если они обратились к нотариусу в 6-месячный срок, вопрос скорее в подтверждении родства и оформлении их прав.

Что лучше сделать:

До уборки направьте брату и сестре письменное уведомление: есть предписание администрации, участок нужно привести в порядок, вы планируете привлечь организацию, расходы предлагаете разделить по 1/3.
Приложите копию предписания и, если есть, смету или коммерческое предложение подрядчика.
Отправлять лучше не просто «с уведомлением о вручении», а ценным письмом с описью вложения и уведомлением о вручении. Опись важнее, потому что она подтверждает, что именно вы отправили.
После уборки сохраните договор с организацией, акт выполненных работ, чек/платёжное поручение, фото участка до и после.
Если добровольно не оплатят, можно обращаться в суд о взыскании с каждого по 1/3 понесённых расходов. В иске нужно будет показать необходимость уборки, размер расходов и их связь именно с этим участком.
Обратите внимание: не завышайте расходы и не делайте работы, которые выходят за рамки предписания, без согласования. В суде легче взыскиваются именно необходимые и подтверждённые расходы, а не любые улучшения участка.

Брат и сестра письменно подавали нотариусу заявления о принятии наследства или просто обращались устно по поводу документов?