И только через суд, как такое может быть?

Здравствуйте. 

Ключевой момент здесь — как оформлялась собственность. Когда квартира покупалась в браке, по закону она считалась совместно нажитым имуществом, и у каждого из супругов была своя ½ доля, даже если в документах (в ЕГРН) значился только один собственник. Мама не выделяла долю отца отдельно и не оформляла её на него — она просто жила и была прописана в квартире вместе с ним. После развода они продолжали жить вместе, но юридически раздел имущества не провели. 

Когда умер папа, его доля (та самая ½) по закону должна была перейти к его наследникам — в первую очередь к маме (как супруге). Но поскольку она не оформила это официально (не получила свидетельство о праве на долю отца), нотариус при открытии наследственного дела после мамы увидел картину так: в ЕГРН записана только мама, а про «скрытую» долю отца система «не знает». И тогда специалист сделал вывод: раз формально в реестре нет данных о том, что доля отца перешла к маме, значит, после смерти отца эта доля какое-то время висела в воздухе. А если в течение установленного срока (6 месяцев) никто из наследников отца не заявил права, такая доля признаётся выморочной и переходит государству (муниципалитету). Вот откуда фраза нотариуса: «папина доля отошла государству». При этом ваша мама по завещанию оставила вам свою долю (ту ½, которая изначально принадлежала ей). Поэтому нотариус и говорит: вы можете претендовать только на мамину долю, а за папину придётся идти в суд.

Что делать? Вам действительно нужно обращаться в суд. Суть иска — доказать, что после смерти папы его доля фактически перешла к маме (она продолжала жить в квартире, нести бремя содержания — оплачивать ЖКУ, делать ремонт), и поэтому она не стала выморочной. В суде пригодятся доказательства:

* выписка из домовой книги (что мама и папа были прописаны вместе, а после его смерти мама осталась одна);
квитанции об оплате коммунальных услуг за период после смерти папы;
* чеки на ремонт, договоры с подрядчиками;
* свидетельские показания (соседи, родственники), которые подтвердят, что мама фактически владела всей квартирой как своей после смерти отца.
Если суд удовлетворит иск, он признает, что доля отца перешла к матери, и тогда вы как наследник по завещанию сможете оформить на себя всю квартиру целиком через нотариуса. 

Тянуть не надо! У вас — ещё около двух месяцев. 

Здравствуйте, Юлия, может быть и вот почему:

Через суд — да, нотариус в этой части прав тк. во внесудебном порядке вопрос уже не решить. Но вывод, что доля вашего отца безусловно ушла государству, преждевременный и её реально оспорить

По порядку:
1) Квартира куплена в браке, значит это совместно нажитое имущество, и половина по закону принадлежала вашему Отцу, даже несмотря на оформление на вашу Мать и последующий развод (ст. 34, 38, 39 СК РФ, ст. 256 ГК РФ). Раздел вы не делали, поэтому половина вашего Отца сохранялась. После его смерти 3 года назад эта половина вошла в его наследство. Ваша Мать как бывшая супруга Отцу не наследница, а вот его дети являются наследники первой очереди (ст. 1142 ГК РФ) и вы в том числе, как его ребенок

2) Государству доля переходит как выморочная только если у Отца не было наследников или никто из них не принял наследство (ст. 1151 ГК РФ). Наследство можно принять не только через нотариуса, но и фактически при условии что наследник проживал в квартире, пользовался вещами, оплачивал коммуналку и содержание (ст. 1153 ГК РФ). Тогда через суд устанавливается факт принятия наследства и признаётся право на долю Отца. Если срок пропущен по уважительной причине то его возможно восстановить (ст. 1155 ГК РФ)
Соответственно итог: фактическое принятие наследства не происходит автоматически, но если вы в течение 6 месяцев после смерти отца проживали в квартире, оплачивали коммуналку и несли расходы на её содержание то вы уже могли фактически принять наследство. Тогда вам нужно не восстанавливать срок, а установить этот факт в суде (факт принятия). Собирайте все документы, подтверждающие ваши действия в тот период. Если таких действий не было, то тогда, только восстановление срока

Существуют два способа принятия наследства, заявительный и фактический способ.

Заявительный способ — это когда наследник подает нотариусу по последнему месту жительства наследодателя,  заявление о принятии наследства.

Фактическое принятие наследства означает вступление в права наследования, без подачи заявления о принятии наследства нотариусу.

То есть, наследник совершает действия направленны на присваивание наследственного имущества.

Оплата коммунальных платежей, оплата похорон, обработка земельного  участка наследодателя.  

В этом случае, согласно закону, наследник  считается принявшим наследство  и является собственником наследственного имуществ,  со следующего дня когда наследодатель умер.  Вам необходимо подать в суд и доказать что Ваша мама приняла наследство фактически и является собственником к исковому заявлению приложить документы подтверждающие  оплату коммунальных платежей и оплату похорон и её признают наследницей который принял наследство.

Но перед этим, нотариусу нужно подать заявление Вам о принятии 1/2 квартиры что бы не пропустить 6 месячный срок вступления в наследство так как 4 месяца с момента смерти уже прошли.