Возместить перелёты можно, но не через стандартный набор соцуслуг СФР - он оплачивает проезд только к санаторно-курортному лечению по путёвке ст. 6.1 ФЗ № 178-ФЗ, а замена речевого процессора, реабилитация и установка помпы - это не санаторно-курортное лечение, это медпомощь по направлению врача.
Тут ключевой вопрос - на каком основании летали в Москву. Если было официальное направление минздрава Красноярского края или лечащей поликлиники (потому что нужную помощь на месте оказать не могут, и Вас направили в федеральный центр, в том числе по квоте ВМП/ОМС) - проезд пациента и одного сопровождающего компенсируется по факту, по билетам и чекам, но это уже другой механизм - через территориальный минздрав/ТФОМС, а не через СФР. Если же ездили сами, договорившись с клиникой напрямую, без официального направления - формально это самостоятельное обращение, и компенсации через госорганы, скорее всего, не будет: единственный канал (набор соцуслуг СФР) такие поездки не покрывает вообще, только сан-кур путёвки.
Поэтому первое, что нужно понять - были ли на руках направления от врача/минздрава именно на эти поездки (июнь и предстоящий август), или это личная инициатива. От этого зависит вся дальнейшая тактика возврата денег.