Как задать юридический вопрос?

Здравствуйте.

Реабилитация в юридическом смысле - это компенсация за незаконное уголовное преследование, право на неё возникает только по реабилитирующим основаниям: оправдательный приговор, прекращение дела за отсутствием события или состава преступления (ст. 133 УПК РФ). Заключение контракта с МО - основание нереабилитирующее, дело в этом случае не "оправдывает" Вас, а приостанавливается или прекращается по специальному основанию, связанному с прохождением военной службы. То есть требовать компенсацию за время в СИЗО как за незаконное содержание Вы не сможете.

Судя по формулировке, Вас интересует не компенсация, а когда полностью снимается уголовное преследование и когда можно считать себя "чистым" перед законом после службы. Это два разных вопроса, и второй куда важнее в Вашей ситуации. Здесь всё зависит от того, как оформлено приостановление дела следователем/судом, какой конкретно статус у Вас (подследственный или уже переданный в суд), и главное - на каких условиях и по какому основанию Вас в итоге уволят со службы. От этого зависит, будет ли дело прекращено окончательно или производство возобновится.

Есть важный нюанс: полное прекращение дела возможно не автоматически по истечении какого-то срока, а только при увольнении по "льготным" основаниям - по контракту, по ранению, по возрасту, при получении государственной награды. Если увольнение произойдёт по дискредитирующим основаниям (например, за дисциплинарные проступки или совершение нового преступления), дело возобновляется и Вы возвращаетесь в статус обвиняемого/подсудимого со всеми последствиями.