Здравствуйте. Просто поставить печать на ранее внесённую сотрудником ЗАГС запись, скорее всего, не получится, поскольку сейчас отметку о детях в паспорте вправе удостоверять только МВД или его территориальный орган. Такая отметка должна быть заверена подписью уполномоченного должностного лица и печатью МВД.
Однако штраф за порчу паспорта в вашей ситуации неправомерен, если запись внесли не вы, а сотрудник государственного органа. Статья 19.16 КоАП РФ предусматривает ответственность за умышленную порчу паспорта самим гражданином либо его утрату по небрежности. Вашей вины здесь нет, поэтому требуйте не устного объяснения, а письменного решения с указанием основания, по которому паспорт признан непригодным, и постановления о привлечении к ответственности.
Подайте руководителю подразделения по вопросам миграции письменное заявление, приложите свидетельства о рождении детей и укажите, что запись была внесена сотрудником ЗАГС при выдаче документов. Просите либо надлежащим образом оформить отметку, либо заменить паспорт без признания вас виновными в его порче и без штрафа. Если откажут, жалобу можно направить начальнику территориального органа МВД и в прокуратуру, а письменный отказ обжаловать в суде.
При замене паспорта может возникнуть вопрос о госпошлине, но оплачивать повышенную пошлину именно как за испорченный по вашей вине документ без установления вашей вины вы не обязаны. Сначала получите письменный ответ МВД. Более подробно ситуацию и подготовку жалобы можно обсудить в личном чате.