Здравствуйте, Оксана.
Для регистрации товарного знака статус ИП не обязателен. В настоящее время правообладателем товарного знака может быть как юридическое лицо, так и гражданин, в том числе самозанятый (ст. 1478 ГК РФ).
Однако с франшизой ситуация сложнее.
По договору коммерческой концессии (франчайзинга) правообладателем и пользователем могут быть только коммерческие организации и индивидуальные предприниматели (ст. 1027 ГК РФ). Самозанятый без статуса ИП заключить классический договор коммерческой концессии не может.
Соответственно:
1. Зарегистрировать товарный знак как физическое лицо Вы можете.
2. Продавать франшизу по договору коммерческой концессии, оставаясь только самозанятой, нельзя.
3. Самозанятый также не может быть пользователем по договору коммерческой концессии.
3. Для полноценной работы по франшизе обычно регистрируют ИП или ООО.
Что касается лимита дохода, для применения налога на профессиональный доход действует ограничение 2,4 млн рублей в календарном году (а не 2,1 млн рублей). При превышении этого лимита статус самозанятого утрачивается.