Согласно Трудовому кодексу РФ и законодательству о воинской обязанности, в вашей ситуации ключевым моментом является разделение периодов работы. Расчет отпуска после возвращения в ГБУЗ будет производиться на общих основаниях, но с одной важной особенностью.
Вот как это будет работать:
Отпускной стаж в ГБУЗ «замораживается». Период, когда трудовой договор был приостановлен (время службы по контракту в МО), не входит в стаж для ежегодного оплачиваемого отпуска по месту работы в больнице. Исключение составляет только ситуация, если это прямо предусмотрено локальным актом вашего учреждения (что бывает крайне редко).
Зарплата в МО не учитывается. При расчете среднего заработка для отпускных после возвращения бухгалтерия ГБУЗ будет брать только выплаты, полученные именно в ГБУЗ за 12 месяцев, предшествующих месяцу ухода в отпуск. Зарплата, полученная в Министерстве обороны, хоть вы и платили с нее НДФЛ, относится к другому работодателю и другому виду правоотношений (служебных, а не трудовых). Поэтому сумма вашего денежного довольствия как добровольца не повлияет на размер отпускных в гражданской больнице.
Фактический расчет отпускных. Поскольку сразу после восстановления у вас не будет начислений за последние 8 месяцев в ГБУЗ, расчетный период сдвинется на более ранние месяцы, отработанные до ухода на СВО. Если же после возвращения вы отработаете какое-то время (например, месяц) и сразу пойдете в отпуск, средний заработок посчитают исходя из фактически начисленной зарплаты за этот период.
Важный нюанс. Действительно, из-за «заморозки» стажа на период службы, дней отпуска за это время вы не накопите. Зато стаж возобновит течение с того дня, как вы выйдете на работу в ГБУЗ.
Рекомендация: Перед выходом в отпуск обязательно запросите в бухгалтерии ГБУЗ расчет вашего среднего заработка — они должны отталкиваться от выплат именно гражданского учреждения, игнорируя период контракта.