В п.3 статьи 15 договора об избежании двойного налогообложения сказано, что доход моряков облагается налогом только в стране предприятия

Доброй ночи. После изучения вашего обращения и ответа из налоговой, пришёл у выводу что, ваш аргумент о том, что доход моряка облагается налогом только в стране, где находится «фактическое место управления» предприятия (в вашем случае — Гонконг), основан на положениях типовых Соглашений об избежании двойного налогообложения (СОИДН) и он основан на буквальном толковании закона(соглашения).

Однако налоговые органы РФ придерживаются следующей практики, в соответствии с которой для применения положений международного договора (в том числе освобождения от налогообложения в РФ) налогоплательщик обязан подтвердить статус налогового резидента иностранного государства или факт того, что доход подлежит налогообложению именно там.
Если вы не предоставляете документы, подтверждающие, что доход был обложен налогом в Гонконге или что вы являетесь налоговым резидентом Гонконга (в контексте применения СОИДН), налоговая инспекция рассматривает ваш доход как доход налогового резидента РФ от источников за пределами РФ, подлежащий налогообложению в России на общих основаниях (ст. 209, ст. 224 НК РФ).

Так же, Ваша ситуация осложняется противоречием в документах. Так, справка о стаже плавания указывает на работу в Финском заливе (территория РФ). Справка о «длительном заграничном рейсе» противоречит отсутствию штампов в паспорте. Для налоговой инспекции отсутствие штампов о пересечении границы и работа в Финском заливе являются доказательствами того, что доход получен от источников в РФ. В этом случае положения СОИДН с Гонконгом могут быть неприменимы, так как доход считается полученным на территории России.

Далее, Вы имеете право подать уточненную налоговую декларацию (ст. 81 НК РФ), через личный кабинет налогоплательщика на сайте ФНС. В разделе «Налоги» -> «НДФЛ» -> «Декларация 3-НДФЛ» выберите «Подать уточненную декларацию».  В уточненной декларации вы можете изменить сумму дохода или применить налоговые вычеты, если они не были заявлены ранее. Однако просто «убрать» налог без документального подтверждения права на освобождение (согласно ст. 15 СОИДН) не получится — система потребует обоснования.

Для применения ст. 15 СОИДН вам необходимо получить от работодателя (Гонконг) официальное подтверждение того, что, предприятие является налоговым резидентом Гонконга и Ваш доход был начислен и выплачен именно этой компанией.Так же, желательно получить справку о том, что доход подлежит налогообложению в Гонконге (даже если налог не был удержан из-за особенностей законодательства).
 Вы так де, можете подать жалобу в вышестоящий налоговый орган (Управление ФНС по вашему региону) в порядке ст. 139 НК РФ. В жалобе необходимо сделать упор на то, что местом фактического управления предприятием является Гонконг, и приложить любые документы, подтверждающие работу на иностранную компанию (контракт, выписки по счету о получении валюты от иностранного лица).
В жалобе Вам необходимо объяснить налоговой инспекции, почему в справке о стаже указан Финский залив. Если судно работало под иностранным флагом, оно могло находиться в территориальных водах РФ, но юридически считаться иностранным источником дохода.
 Вам  необходимо доказать, что доход получен от иностранного источника (Гонконг), а не от деятельности в Финском заливе (РФ), иначе  налоговая инспекция будет настаивать на уплате НДФЛ как с дохода, полученного на территории РФ.

С уважением адвокат Чичигин Р.Н.

Если нужна помощь пишите мне в чат.

     Добрый день.

      Как налоговый резидент Вы оплачиваете налог со всех доходов в РФ. Однако в силу ст.15 СИДН между РФ и ГК 

3. Независимо от предыдущих положений настоящей статьи вознаграждение, получаемое за работу по найму, осуществляемую на борту морского или воздушного судна, эксплуатируемого в международных перевозках предприятием Договаривающейся Стороны, облагается налогом только в этой Стороне.

Поэтому налога в РФ в этом случае не возникает. ФНС в своем ответе дает неверную трактовку

вознаграждение, получаемое в связи с 
работой по найму, осуществляемой на борту морского судна, эксплуатируемого в 
международных перевозках, может облагаться налогом в том Договаривающемся 
Государстве, в котором располагается место фактического управления этим 
предприятием.

     Оно же, в отличии от ошибочной трактовки ФНС, облагается, в отличии от всех остальных пунктов указанной статьи,  только, т.е. исключительно, в указанной стране без возникновения налогообложения в иной стране.

     В силу ст.7 НК РФ 

 1. Если международным договором Российской Федерации установлены иные правила и нормы, чем предусмотренные настоящим Кодексом и принятыми в соответствии с ним нормативными правовыми актами, применяются правила и нормы международных договоров Российской Федерации.

      Т.е. применимы именно положения СИДН

      В настоящий момент Вам необходимо не подавать уточненную декларацию, а обжаловать действия ФНС по начислению налога. Однако Вам необходимо будет доказать, что работа по найму, осуществлялась на борту морского судна, эксплуатируемого в  международных перевозках а  местом  управления являлся Гонконг.

      Порядок обжалования установлен ст.138 НК РФ. https://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_19671/ada4cf920c053f3ddcbd19a0fa8770b5bdf73b02/

      Все остальные  моменты могут быть детально разобраны в рамках отдельной полноценной услуги в чате( кнопочка рядом с фото юриста, доступна при входе на сайт через браузер)

     С уважением Евгений Беляев