Здравствуйте!
В вашей ситуации объединить всё в один документ, к сожалению, не получится. Здесь юридически разные основания для выделения долей, и их лучше оформлять раздельно, чтобы не возникло проблем с регистрацией и органами опеки.
Первая часть — это обязательство по материнскому капиталу, использованному при строительстве дома. По нему вы обязаны выделить доли всем членам семьи именно в этом доме. Это оформляется отдельным соглашением о распределении долей (обычно нотариальным), поскольку это целевое требование государства.
Вторая часть — это деньги от продажи квартиры. Если вы хотите «добавить» детям доли за счёт этих средств (например, чтобы сохранить или увеличить их имущественные права), это уже не обязательство по маткапиталу, а фактически дарение или дополнительное соглашение о перераспределении долей. Это оформляется отдельно.
На практике делают так: сначала исполняют обязательство по материнскому капиталу и регистрируют доли в доме, затем оформляют второе соглашение (или дарение), если нужно изменить размеры долей с учётом продажи квартиры.
Объединение в один документ часто не проходит регистрацию, потому что Росреестр видит разные правовые основания и требует их разделять. Кроме того, если участвуют дети, может потребоваться согласие органов опеки, особенно если меняется их имущественное положение.
С наилучшими пожеланиями, Юрий Михайлович!
