Здравствуйте. По военной ипотеке действительно обычно приобретается именно отдельное жилое помещение, а не доля. При этом покупка квартиры у близкого родственника или супруга часто вызывает дополнительные проверки со стороны банка и Росвоенипотеки, поскольку такие сделки могут посчитать формальными или направленными на обналичивание средств.
Если Вы являетесь одним из собственников квартиры, а муж не собственник, то теоретически вариант выкупа всей квартиры возможен, но многое зависит от структуры сделки, позиции банка и того, кто именно является остальными собственниками. На практике сделки между супругами и с участием общего семейного имущества нередко вызывают вопросы.
Поэтому здесь нужно уже детально смотреть: кто остальные собственники, планируется ли покупка всей квартиры или только частей, какая ипотечная программа используется и согласует ли такую сделку банк и Росвоенипотека. Иногда выходом становится оформление через выкуп всех долей у всех собственников одновременно, но универсального решения тут нет.