Здравствуйте. В вашей ситуации есть нарушения, и вы правильно сомневаетесь.
Осмотр несовершеннолетних регулируется Федеральный закон № 323‑ФЗ. По общему правилу любое медицинское вмешательство до 15 лет проводится только с информированного добровольного согласия родителей или законных представителей. Без этого проводить осмотр нельзя, за исключением экстренных случаев, а у вас речь идёт о плановом осмотре.
То, что вы описываете — организованная поездка в военкомат и осмотр без согласия родителей — незаконно. Отдельно важно, что осмотр должен проводиться с соблюдением права на уважение человеческого достоинства и приватности. Ситуация, когда несовершеннолетних заставляют находиться в коридоре в нижнем белье и заходить группами, также противоречит требованиям медицинской этики и законодательства.
Ссылка на закон у вас почти верная, но точнее опираться на нормы о добровольном информированном согласии (статья 20 этого закона). Вы имеете право отказаться, и ваши родители тоже могут письменно заявить отказ от медицинского вмешательства.
Если вы не придёте, формально наказать вас именно за отказ от такого осмотра не могут. Давление со стороны школы или угрозы будут незаконны. Лучше всего сообщить родителям и попросить их написать письменный отказ на имя школы и военкомата.
Если давление продолжится, можно обращаться с жалобой в прокуратуру или департамент образования — такие проверки обычно быстро ставят всё на место.
С наилучшими пожеланиями, Юрий Михайлович!