Здравствуйте.
Сразу «выписать» только из-за долга нельзя. Нужно обращаться в суд.
Основание: ст. 90 ЖК РФ — если наниматель и члены семьи более 6 месяцев без уважительных причин не платят за жилье и коммунальные услуги, их можно выселить из муниципального жилья, но с предоставлением другого жилого помещения по договору соцнайма, размером как для общежития.
То, что у семьи есть другое жилье, важно указать в иске. Это усиливает позицию, но само по себе не дает администрации права просто снять их с регистрационного учета.
Вам нужно:
собрать расчет долга;
подтвердить период неоплаты более 6 месяцев;
направить предупреждение о необходимости погасить долг;
после этого подать иск о расторжении договора соцнайма, выселении и снятии с регистрационного учета.
Если они фактически не живут в муниципальной квартире, можно рассмотреть другой вариант: иск о признании утратившими право пользования жилым помещением и снятии с регистрационного учета.
При необходимости могу составить исковое заявление.