Добрый день.
Чтобы точно ответить на Ваш вопрос необходимо понимать, какие работы Вы исполняли по договору.
Если Вы фактически выполняли трудовые обязанности, Вы можете обратиться в Трудовую инспекцию по месту жительства. Они проведут проверку и, если установят, что гражданско-правовой договор фактически прикрывал трудовые отношения, то организация будет привлечена к ответственности и в отношении нее может были вынесено предписание о выплате заработной платы.
Но для принудительного взыскания денежных средств Вам придется обратиться в суд. Можно обратится сразу в суд с иском об установлении факта трудовых отношений и взыскании заработной платы, но постановления Трудовой инспекции в этом случае сильно помогут.
Если же отношения не носят трудовой характер, то взыскать задолженность можно только через суд.