Здравствуйте.
Согласно законодательству, компенсация за поднаём жилья по месту службы (в Калининградской области) в вашем случае, скорее всего, не положена. Это связано с тем, что вы получили жилищную субсидию и приобрели квартиру в Санкт-Петербурге.
Согласно статье 15 Федерального закона «О статусе военнослужащих» и постановлению Правительства РФ от 31 декабря 2004 года №909, компенсация за поднаём выплачивается военнослужащему, если он:
не обеспечен служебным жильём по месту службы;
не является собственником жилья в том же населённом пункте (или рядом, где он проходит службу).
Однако в подпункте «е» пункта 2 постановления № 909 указано, что компенсация за поднаём не выплачивается, если военнослужащий реализовал жилищную субсидию (ЖС) и при этом не сдал приобретённое жильё в наём.
Вы получили субсидию и купили квартиру в Санкт-Петербурге. Даже если вы не используете это жильё по месту службы в Калининградской области, сам факт владения квартирой в другом регионе может стать основанием для отказа в компенсации. Логика такова: вы обеспечены жильём как собственник, пусть и не по месту службы, поэтому не имеете «нужды» в найме.