При прохождении медосмотра в школе, могут отказать в осмотре?

нет, отказать в проведении медицинского осмотра в школе не имеют права, даже если ребёнок временно не прикреплён к поликлинике.

Объясню подробнее:

Медосмотр в школе — это обязанность образовательного учреждения, а не поликлиники.
Школа обязана организовать профилактические осмотры для всех обучающихся (ст. 41 Федерального закона «Об образовании в РФ»). Если ребёнок не прикреплён к поликлинике, школа всё равно должна обеспечить его осмотр — обычно через прикреплённую к школе медицинскую организацию или выездную бригаду врачей.
Отсутствие прикрепления может быть временной проблемой.
Чаще всего это случается при смене места жительства или когда родители не оформили полис/прикрепление. Но право на медицинскую помощь у ребёнка-инвалида сохраняется независимо от этого. Школа не вправе перекладывать на родителей решение вопроса с прикреплением.
Что делать, если грозят отказом?

Попросить письменный отказ с указанием причины (это редко кто даёт, но формально это дисциплинарное нарушение).
Обратиться к директору школы, указав на незаконность отказа.
Если директор не помогает — написать заявление в местный орган управления образованием или прокуратуру.
Важный нюанс: осмотр должен быть доступным для ребёнка-инвалида.
Если у ребёнка тяжёлые нарушения здоровья и ему нужны особые условия (например, осмотр на дому или отдельный кабинет), это нужно согласовать со школой и поликлиникой, но не является основанием для отказа.
Рекомендация:
Пока вопрос не решён, для спокойствия можно временно прикрепить ребёнка к ближайшей поликлинике по месту жительства — это делается быстро через МФЦ или через обращение в регистратуру. Но даже без этого школа не вправе отказать в осмотре. Если отказ происходит на практике — это прямое нарушение прав ребёнка на образование и медицинское обслуживание.