Отдали паспорт в мфц на получение временной регистрации, но в период подготовки человек попал в реанимацию

Здравствуйте.

Оформлять свидетельство о смерти нужно в Санкт‑Петербурге, по месту смерти, и уже с ним организовывать перевозку тела в Вологду и похороны там.

Документы и где оформлять смерть
В больнице/реанимации:

После смерти лечащий врач или морг выдаёт медицинское свидетельство о смерти (форма №106/у‑08).
Паспорт умершего забирайте из МФЦ (или берите выписку из регучёта, если паспорт пока у них).
Госрегистрация смерти:

Заявление о регистрации смерти подаётся в ЗАГС/МФЦ по месту смерти, а не по месту прописки.
В Санкт‑Петербурге гербовое свидетельство о смерти фактически оформляют централизованно (на практике — через ЗАГС, указанный на городском портале, чаще всего ул. Достоевского, 9, либо через МФЦ, который передаёт документы туда).
Срок: подать заявление желательно в течение 3 дней с момента смерти.
Кто может обратиться:

Любой родственник (дети, супруг, вы как организующий похороны), либо представитель по доверенности, либо ритуальный агент.
Нужные документы в ЗАГС/МФЦ:

медицинское свидетельство о смерти;
паспорт умершего (или справка из МФЦ/паспортного стола, если паспорт ещё не выдали);
паспорт заявителя;
при необходимости — документ о родстве (обычно не строго, но лучше иметь).
Вы получите:

свидетельство о смерти (гербовое);
справку о смерти для органов соцзащиты (на выплату на погребение и др.).
Временная регистрация и отсутствие паспорта
Регистрация смерти допускается, даже если у умершего нет регистрации в Петербурге, а прописка в другом городе (у него в Вологде).
Главное условие: медицинское свидетельство смерти выдано петербургским медучреждением.
Если оригинал паспорта в МФЦ, можно:

забрать паспорт; или
взять выписку из регистрационной карточки/справку о личности и прописке и подать её вместе с медсвидетельством.
Сам факт, что паспорт был в МФЦ для временной регистрации, не мешает регистрации смерти.

Перевозка тела в Вологду
Для перевозки (авто/поезд/самолёт) обычно нужно:

свидетельство о смерти (гербовое);
медицинское свидетельство о смерти (или справка из морга — для морга/ритуальной службы);
справка из морга о бальзамировании и герметичности гроба (если поезд/самолёт);
договор с ритуальной службой или билеты (если везёте сами, чаще всего спецавто — катафалк).
Общий порядок:

Получить медсвидетельство в больнице/морге.
Оформить свидетельство о смерти в ЗАГС/МФЦ в Петербурге.
Заключить договор с ритуальной службой (в Петербурге или Вологде): подготовка тела, гроб, документы для перевозки.
Перевозка тела в Вологду (чаще всего спецавто; для поезда/самолёта — дополнительные требования).
В Вологде — организация похорон, при необходимости регистрация захоронения на кладбище.
На что обратить внимание родственникам
Кто будет заявителем: лучше тот ребёнок, который живёт в Петербурге, с паспортом и (по возможности) доверенностью/устным согласием остальных.
Связь с МФЦ: сразу позвонить или прийти в МФЦ, куда сдавали паспорт, сообщить о смерти, попросить:

либо вернуть паспорт;
либо выдать справку/копию данных для ЗАГС (если паспорт не готов).
Если сложно самим: можно обратиться в ритуальное агентство, которое за отдельную плату возьмёт на себя оформление документов и организацию перевозки.