Может ли компания-экспедитор указать свои реквизиты в разделе 6 транспортной накладной, чтобы обеспечить конфиденциальность информации о нанимаемой сторонней компании-перевозчике?

Здравствуйте.

Нет, если перевозчик – сторонняя компания, в разделе 6 транспортной накладной должны быть указаны именно ее реквизиты, а не реквизиты экспедитора; подменять данные ради конфиденциальности нельзя.

Как должен заполняться раздел 6 по правилам
Требования к заполнению ТН установлены Правилами перевозок грузов автомобильным транспортом (Постановление Правительства РФ № 2200) и разъяснениями Минтранса и профильных экспертов.
Ключевые моменты:

Экспедитор может указываться в разделе 1 «Грузоотправитель» с отметкой «является экспедитором» и в разделе 1а как заказчик услуг по организации перевозки.
В разделе 6 «Перевозчик» в транспортной накладной, если экспедитор привлекает от своего имени третьих лиц (перевозчиков), должны указываться реквизиты лица, которое непосредственно перевозит груз – именно фактического перевозчика.
Разъясняется прямо: если экспедитор лишь организует перевозку и не осуществляет фактическое перемещение груза, он в разделе 6 не указывается; в этом разделе идут данные перевозчика (юрлица/ИП), ведущего машину.
Иными словами, закон исходит из того, что в ТН должны быть отражены реальные участники перевозки (для ответственности, страховых случаев, проверок), а не «маскирующие» данные.

Допустимая роль экспедитора в ТН
Если экспедитор сам выступает перевозчиком (собственные машины, договор перевозки), тогда он вправе быть указан как перевозчик в разделе 6.
Если же экспедитор заключает договоры перевозки с третьими лицами, он фигурирует как грузоотправитель/экспедитор, а фактический перевозчик – в разделе 6 с раскрытием его реквизитов и данных водителя/ТС.
Попытка «подставить» реквизиты экспедитора в раздел 6 вместо перевозчика формально будет нарушением установленного порядка оформления ТН и может повлечь претензии при налоговых проверках, спорах о перевозке, ДТП и т.п.

Как работать с конфиденциальностью
Конфиденциальность отношений с субподрядчиком‑перевозчиком обычно обеспечивают:

условиями договора экспедитора с заказчиком (запрет на прямой выход, неразглашение, штрафы);
внутренними регламентами по ограничению доступа к исходным документам, обезличиванием копий для третьих лиц;
корректной организацией работы с персональными данными и коммерческой тайной (политики, согласия, TMS‑системы и т.п.).
Но подмена реквизитов фактического перевозчика в транспортной накладной – это как раз то, чего лучше избегать: форма ТН и правила ее заполнения не дают легального «режима конфиденциальности» по полю «перевозчик».