Ситуация стандартная. Поскольку вы не уложились в 90-дневный срок для замены паспорта, у сотрудника МВД действительно возникает обязанность составить протокол об административном правонарушении по ст. 19.15 КоАП РФ.
Протокол составляет именно тот сотрудник подразделения по вопросам миграции, который принимает у вас документы. Никакой необходимости самостоятельно идти куда-то еще, чтобы получить протокол, нет. Требование явиться с готовым протоколом неправомерно. Это прямая обязанность должностного лица.
Придите в назначенную дату с полным пакетом документов на замену паспорта. Сотрудник на месте зафиксирует нарушение, составит протокол и вынесет постановление о штрафе. Только после этого он обязан принять заявление на выдачу нового паспорта. Неявка в назначенный день только усугубит ситуацию, так как вы продолжите жить с недействительным документом.
Штраф составит от 2 000 до 3 000 рублей, а в Москве или Санкт-Петербурге — от 3 000 до 5 000 рублей. Оплатить его нужно в течение 60 дней после того, как постановление вступит в силу.