Здравствуйте! В такой ситуации всё выглядит вполне объяснимо с точки зрения российского законодательства и действующей практики выплат.
Дело в том, что региональная единовременная выплата обычно привязана не к месту подписания контракта, а к региону, через который человек был призван или где он состоит на воинском учёте. Если ваш брат призывался на срочную службу через военный комиссариат Курской области и был там зарегистрирован как призывник, то для региональных органов власти он продолжает считаться военнослужащим именно этого субъекта. Поэтому при заключении контракта данные автоматически проходят через тот же военкомат и регион, и выплата оформляется за счёт бюджета Курской области.
То, что сам контракт подписывался уже во время службы в Воронежской области, в большинстве случаев роли не играет. Воронежская область выплачивает региональные выплаты, как правило, тем, кто заключает контракт непосредственно через её военные комиссариаты или пункты отбора и состоит там на учёте.
Так что в подобной ситуации получение выплаты именно от Курской области считается нормальной практикой. Более того, иногда это даже выгоднее, потому что размеры региональных выплат в разных субъектах могут существенно отличаться.
Понимаю, что такие вопросы могут вызывать путаницу, но в вашем случае всё, судя по описанию, выглядит вполне корректно. С наилучшими пожеланиями, Хабас Феликсович.