Здравствуйте!
Да, формально командование вправе отказать военнослужащему, даже участнику СВО, в направлении для поступления в военный вуз, несмотря на наличие положительного решения приемной комиссии и справки-вызова.
Справка-вызов от вуза означает лишь то, что кандидат успешно прошёл отбор и рекомендован к зачислению, но для действующего военнослужащего этого недостаточно. Поступление в военные образовательные организации Минобороны РФ осуществляется только при условии направления военнослужащего по решению его командования и оформления соответствующих документов (включая представление и приказ о направлении).
Правовое основание этого порядка следует из Федерального закона «О статусе военнослужащих» № 76-ФЗ, а также из ведомственных нормативных актов Минобороны, регулирующих порядок отбора и направления военнослужащих в военные учебные заведения. В них закреплено, что обучение военнослужащего по очной форме в военном вузе возможно только с согласия и по решению командира, с учётом интересов службы.
При этом отказ должен быть мотивирован служебной необходимостью (например, укомплектованность подразделения, боевые задачи, отсутствие замены, дисциплинарные обстоятельства и т.п.). Формально немотивированный или произвольный отказ может быть обжалован по военной линии или в военной прокуратуре.
Таким образом, согласие вуза само по себе не обязывает командование направить военнослужащего на обучение, но и отказ не может быть полностью произвольным — он должен опираться на служебные основания.
С наилучшими пожеланиями, Юрий Михайлович!