И подскажите, как мне поступить в данной ситуации и что мне говорить в военкомате?

Александр, добрый вечер.

Я уже подал заявку на госуслугах. Скажите, пожалуйста, есть ли риск, что меня лишат гражданства?

 Если Вы уже обратились с заявлением о постановке Вас на воинский учет  — то в отношении Вас нет оснований для прекращения гражданства.

Основания его прекращения оговорены в ст. 22 ФЗ «О гражданстве РФ», где указано, что 

1. Гражданство Российской Федерации прекращается по следующим основаниям:
2) сообщение заведомо ложных сведений в отношении обязательства соблюдать Конституцию Российской Федерации и законодательство Российской Федерации,выразившееся в том числе:
в) в неисполнении обязанности по первоначальной постановке на воинский учет;

На Вас ст. 10 Закона о воинской обязанности и военной службе возлагается обязанность встать на воинский учет при получении гражданства РФ.

Действия, направленные для постановки на учет Вы уже совершили. В силу данного обстоятельства нет оснований говорить о том, что Вы при получении гражданства сообщили заведомо ложные сведения в части соблюдения законодательства РФ, в том числе по постановке на воинский учет.

Скажите, пожалуйста, есть ли риск, что меня лишат гражданства? 

 Здравствуйте!

Прекращение гражданство возможно согласно ст. 22 ФЗ «О гражданстве РФ» в случае при неисполнении обязанности по первоначальной постановке на воинский учет.

Но в силу того, что Вы уже подали заявление о постановке на воинский учет — нет, лишить гражданства Вас не смогут, потому как Вы в настоящее время исполнили обязанность по постановке на воинский учет.

И подскажите, как мне поступить в данной ситуации и что мне говорить в военкомате?

В данной ситуации Вы уже поступили необходимым образом — подали заявку для постановки на воинский учет.

Обосновывать невозможность постановки на воинский учет Вы можете также, как и изложили в вопросе — не знали о данной обязанности. Ваше обоснование, каким бы оно не было — не повлияют на возможность постановке на воинский учет.