Имеет ли он отказывать, тем более госпошлину оплатила

Нотариус не имеет права отказывать в выдаче свидетельства только на основании того, что у брата «ничего нет». В наследство входят не только квартиры и машины, но и имущественные права, а также денежные выплаты, которые положены бойцу СВО.
Вот почему позиция нотариуса ошибочна и на что вам нужно опираться:
 
1. Что именно вы наследуете (даже если нет жилья)
Согласно ст. 1112 ГК РФ, в состав наследства входят имущественные права. В вашем случае это:
Недополученное денежное довольствие (зарплата, боевые, суточные), которые в/ч обязана перечислить за последний месяц.
Страховые выплаты (СОГАЗ) и единовременные президентские выплаты (5 млн руб. по Указу №98). Поскольку нет жены, детей и родителей (мать лишена прав), вы как полнородная сестра являетесь первоочередным получателем этих денег по закону (в случае отсутствия членов семьи первой очереди).
Денежные средства на счетах, даже если там сейчас 0 рублей. Нотариус обязан выдать свидетельство на «права на денежные средства во всех банках РФ».
 
2. Почему нотариус не прав насчет кредитов
Нотариус не может отказать в выдаче свидетельства из-за наличия долгов. Более того, для семей погибших на СВО действует специальный закон (ФЗ №377):
Кредиты и займы погибшего участника СВО подлежат полному списанию.
Вы не обязаны их платить. Как только вы получите свидетельство о смерти и справку о гибели на СВО, банки обязаны аннулировать эти 14 кредитов.
 
3. Ваши действия прямо сейчас
Поскольку вы уже оплатили госпошлину и подали документы, нотариус обязан завершить процедуру.
Требуйте письменное Постановление об отказе. Нотариусы часто «говорят» одно, но боятся писать это официально. Скажите: «Если вы считаете, что выдача свидетельства невозможна, выдайте мне письменный мотивированный отказ в совершении нотариального действия (ст. 48 Основ законодательства о нотариате)».
Запросы в банки и В/Ч. Потребуйте, чтобы нотариус сделал официальные запросы в Министерство обороны (Единый расчетный центр) и банки. Если придет ответ, что начислена хотя бы копейка — это уже «имущество», на которое выдается свидетельство.
Жалоба. Если нотариус отказывается выдавать бумагу или делать запросы, вы можете подать жалобу в Нотариальную палату вашего региона.
 
Резюме для разговора с нотариусом:
Выдаче свидетельства подлежат права на получение выплат от СОГАЗ и Минобороны. Без этого свидетельства вы не сможете подтвердить статус единственного наследника в страховой компании. Отсутствие недвижимости не является законным основанием для закрытия дела без выдачи документов.