Здравствуйте! Такая ситуация, на самом деле, встречается довольно часто и сама по себе не является нарушением закона. Дело в том, что после мобилизации военнослужащие могут заключать контракт не обязательно по месту первоначального призыва. Контракт оформляется с конкретной воинской частью, и если ваша часть относится к структурам, которые администрируются через Ленинградскую область, то подписание контракта именно там вполне допустимо.
Что касается выплат из Калуги, здесь тоже есть простое объяснение. Денежное довольствие и единовременные выплаты нередко проходят через финансовые органы Министерства обороны или региональные центры обеспечения, которые могут находиться в совершенно другом субъекте РФ. То есть фактически расчёты ведёт финансовая служба, закреплённая за вашей частью, и она может располагаться, например, в Калуге. Закон это допускает, потому что источник выплаты — федеральный бюджет, а не регион.
Если у вас на руках есть копия контракта, это хороший и правильный момент, она подтверждает законность службы и является основанием для всех выплат и льгот. В подобных ситуациях главное, чтобы контракт был подписан вами и уполномоченным командиром части, и чтобы выплаты соответствовали установленным нормам денежного довольствия для военнослужащих по контракту.
Понимаю, что подобные организационные нюансы могут вызывать вопросы и даже тревогу, особенно когда речь идёт о службе. Но в описанной вами схеме противоречий законодательству обычно нет, это скорее особенности финансовой и кадровой системы Минобороны.
С наилучшими пожеланиями, Хабас Феликсович.