И какое наказание предусмотрено за такое нарушение?

Здравствуйте. Объяснительную писать нужно обязательно. Это не просто формальность, а ваше законное право на защиту и обязательный этап процедуры дисциплинарного взыскания согласно ст. 193 ТК РФ. Отказ от объяснений позволит работодателю составить акт и наказать вас, трактуя ваше молчание не в вашу пользу.
 

Как правильно это сделать.

 
Не признавайте вину, если вы этого не делали. Ссылайтесь на технические факторы.
Укажите на погрешность приборов,  ГЛОНАСС измеряет расстояние по координатам (плоская проекция), а спидометр — по количеству оборотов колеса. Разница в 5–15% является технологически допустимой.
Спидометр учитывает пробуксовку колес (лед, грязь), износ протектора, разницу в давлении шин и маневрирование на закрытых территориях (базы, заправки), где сигнал ГЛОНАСС может «прыгать» или теряться.
Укажите, что расхождение в километрах не является прямым доказательством слива топлива. Требуйте проведения контрольного замера расхода топлива именно на вашем автомобиле.

За подробной консультацией — пишите в чат. Услуги платные.