Здравствуйте, Диана! Правильный ответ — вариант 3: доли должны получить все члены семьи.
По Федеральному закону № 256-ФЗ «О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей», при использовании материнского капитала на жильё (в том числе на первоначальный взнос по ипотеке) оно должно быть оформлено в общую собственность: владелицы сертификата (жены брата), её супруга — но именно того, кто является супругом НА МОМЕНТ использования средств материнского капитала, а не биологического отца детей, — и ВСЕХ её детей, включая совершеннолетних, независимо от того, на какого именно ребёнка выдан сертификат, и независимо от того, усыновлены ли дети нынешним супругом.
Поэтому то, что ваш брат не удочерял падчериц, значения не имеет: он включается в число собственников как супруг на дату использования маткапитала, а дочери жены от предыдущих браков включаются как её дети. То есть доли положены: жене, вашему брату и всем трём детям (двум дочерям и общему сыну) — пять человек.
Важный нюанс по размеру долей: равными должны быть доли именно в той части жилья, которая оплачена материнским капиталом, а не во всей квартире целиком (это разъяснено в Обзоре судебной практики Верховного Суда РФ от 22.06.2016, п. 13) — оставшаяся часть (оплаченная личными или кредитными средствами) может распределяться иначе, например, пропорционально вкладу супругов.
И ещё момент по срокам, который вы указали в уточнении: поскольку маткапитал пошёл на первоначальный взнос по ипотеке, обязательство оформить жильё в долевую собственность всех членов семьи по закону возникает не сразу, а в течение 6 месяцев после снятия обременения (полного погашения ипотеки и прекращения залога) — если ипотека ещё не выплачена, формально срок для оформления долей пока не наступил, но сама обязанность и круг лиц, между которыми доли будут распределяться, уже определены именно так, как указано выше.