Олег, здравствуйте. Закон не определяет, у кого из собственников хранятся документы на квартиру, это решается договоренностью между вами. Опасаться, что бумаги у одного, не нужно: право каждого собственника удостоверяется выпиской из ЕГРН (ч. 1 ст. 28 Закона о государственной регистрации недвижимости), а не документом на руках, и выписку может заказать любой из вас (ч. 1 ст. 62 того же Закона)
Практично сделать так: у каждого собственника своя свежая выписка из ЕГРН и копии документов, на основании которых возникла его доля (договор, свидетельство о наследстве). Оригиналы удобно хранить у того, кто живет в квартире
Напишите, что Вас беспокоит: кто-то не отдает документы или готовится продажа, подскажу, что сделать. Можно здесь в чате