Здравствуйте Виталий.
Период временной нетрудоспособности относится к периодам, когда работник фактически не работал, но за ним сохранялось место работы (должность). То есть, в общем случае, сам по себе факт нахождения на больничном не мог привести к сокращению продолжительности основного отпуска.
Однако, смею предположить, что у вас, как у мед работника предусмотрен дополнительный отпуск к основному оплачиваемому. В стаж работы, дающий право на ежегодные дополнительные оплачиваемые отпуска за работу с вредными и (или) опасными условиями труда, включается только фактически отработанное в соответствующих условиях время, соответственно время проведенное на больничном не засчитывается.