Добрый день!
В вашей ситуации заключать договор об оказании платных образовательных услуг с работниками не требуется. Образовательные отношения возникают на основании распорядительного акта работодателя, что прямо предусмотрено законом.
Основание для возникновения образовательных отношений (ст. 53 ФЗ «Об образовании»). В п. 1 ч. 1 ст. 53 Федерального закона от 29.12.2012 № 273-ФЗ «Об образовании в Российской Федерации» указано, что образовательные отношения возникают на основании распорядительного акта организации, осуществляющей образовательную деятельность. Это основной и достаточный документ для зачисления работника. Вы действуете в полном соответствии с этим положением.
Отношения в рамках трудового договора. Обучение ваших работников является профессиональным обучением по инициативе работодателя. Это регулируется не только законом «Об образовании», но и Трудовым кодексом РФ (гл. 31 и 32 ТК РФ). Обязанность работодателя обеспечивать подготовку и дополнительное профессиональное образование работников закреплена в ст. 196 ТК РФ. Таким образом, обучение является частью трудовых отношений, а не отдельной гражданско-правовой сделкой.
Отсутствие признаков платной образовательной услуги. Вы указываете, что обучение проводится за счет средств организации и стипендия не выплачивается. Это ключевой момент. Договор об оказании платных образовательных услуг (глава 12 Закона «Об образовании») заключается в случае, когда обучающийся (или иное лицо) оплачивает стоимость обучения. Поскольку оплачиваете вы как работодатель, оснований для заключения такого договора с работником нет. Финансовые отношения здесь строятся между вашей организацией как лицензиатом и вами же как работодателем.
Цель обучения. Если целью обучения является получение новой профессии, должности или повышение квалификации для выполнения трудовой функции (как, например, обучение на водителя погрузчика для работника склада), то это однозначно реализация прав и обязанностей по трудовому договору.