Но у меня руководящая должность (заведующий структурным подразделением в государственной бюджетной медицинской организации), за какой срок должен уведомить начальника учреждения?

Для заведующего структурным подразделением в государственной бюджетной медицинской организации срок уведомления об увольнении по собственному желанию составляет две недели.

Это правило установлено статьей 80 Трудового кодекса РФ и применяется ко всем работникам, включая руководителей подразделений, поскольку специальные нормы (например, ст. 280 ТК РФ для руководителя всей организации) на них не распространяются.

Обязательно передайте дела по акту перед уходом