Я руководитель образовательного учреждения, учредитель в лице главыадминистрации района поручил устно

Могу я не являться на комиссию, оргументируя свою неявку тем, что жду решения суда по результатам их проверки. 

Можете.

Поскольку  протокол   может быть составлен  в Ваше отсутствие  

В случае неявки физического лица, или законного представителя физического лица, или законного представителя юридического лица, в отношении которых ведется производство по делу об административном правонарушении, если они извещены в установленном порядке, протокол об административном правонарушении составляется в их отсутствие. Копия протокола об административном правонарушении направляется лицу, в отношении которого он составлен, в течение трех дней со дня составления указанного протокола.

ст.28.2 КоАП РФ 

В этом случае  Вам будет направлена копия протокола

Поэтому   Ваша неявка  и подача   иска в суд  не препятствуют  составлению  протокола  об  административном правонарушении.

Протокол составляется  в случае совершении административного правонарушение и подлежит в дальнейшем рассмотрению, наряду с другими материалами административного правонарушения

При рассмотрении    дела   об  административном  г правонарушения Вы вправе   выразить свое несогласие   с  наличием   фактов   из-за которых он был составлен

Однако, составление протокола не означает, что Вас признали виновной в совершении адм. правонарушения.

Потом протокол с материалами дела будет рассмотрен судом или должностным лицом (в зависимости от адм. правонарушения). На рассмотрение дела Вас также пригласят.

По результатам рассмотрения выносится постановление из которого следует виновны Вы в этом правонарушении, по которому составлен протокол, или нет.

 аргументируя свою неявку тем, что жду решения суда по результатам их проверки.

Эти аргументы следует заявить при рассмотрении материалов дела об адм. правонарушении (после составления протокола). Просить отложить рассмотрение до этого судебного решения, так как оно непосредственно относится к рассматриваемому делу, факты, установленные судом в этом решении имеют доказательственное значение по этому делу об адм. правонарушении.

А при составлении протокола смысла нет об этом просить, его составят в любом случае — с Вами или в Ваше отсутствие.

Если есть дополнительные вопросы — пишите.

Желаю удачи,