Здравствуйте!
Поскольку сторонами являются юридические лица, Закон о защите прав потребителей не применяется, и отношения регулируются исключительно ГК РФ. Стоимость доставки в данном случае квалифицируется как реальный ущерб (убытки) покупателя. Согласно п. 2 ст. 475 ГК РФ
В случае существенного нарушения требований к качеству товара (обнаружения неустранимых недостатков, недостатков, которые не могут быть устранены без несоразмерных расходов или затрат времени, или выявляются неоднократно, либо проявляются вновь после их устранения, и других подобных недостатков) покупатель вправе по своему выбору:
отказаться от исполнения договора купли-продажи и потребовать возврата уплаченной за товар денежной суммы;
потребовать замены товара ненадлежащего качества товаром, соответствующим договору.
Однако расходы на доставку, которые Вы оплатили, стали для Вас бесполезными именно по вине продавца, поставившего некачественный товар. В силу статей 15 и 393 ГК РФ должник (продавец) обязан возместить кредитору (покупателю) убытки, причиненные ненадлежащим исполнением обязательства.
Отсутствие суммы доставки в корректировочном документе это не отказ. Корректировочный счет-фактура выставляется на изменение стоимости или количества отгруженных товаров.
Услуга по доставке была оказана (груз перемещен), поэтому сторнировать ее через УКД, как товар, бухгалтерия продавца часто не может. Возврат денег за доставку должен оформляться не корректировкой реализации услуги, а отдельным платежом в качестве возмещения убытков на основании Вашей претензии.
Вам необходимо направить продавцу письменную претензию о возмещении убытков в размере стоимости доставки.